Van der Sar disenaraikan dalam skuad kebangsaan Belanda dalam kejohanan Piala Dunia 1994 di Amerika Syarikat, namun beliau tidak membuat sebarang penampilan. Penampilan antarabangsa pertamanya adalah pada 7 Jun 1995 menentang Belarus. Beliau seterusnya menjaga gawang Belanda dalam tiga kejohanan besar seterusnya, iaitu Euro 96, Piala Dunia 1998 dan Euro 2000 yang kesemuanya berakhir dengan penyingkiran Belanda melalui penentuan sepakan penalti. Kegagalan Belanda melayakkan diri ke Piala Dunia 2002 memaksa Van der Sar menunggu sehingga 4 tahun lagi untuk kejohanan besar seterusnya.

Euro 2004

Ketika penentuan sepakan penalti pada peringkat suku akhir menentang Sweden, Van der Sar menyelamatkan sepakan penalti Olof Mellberg yang membawa Belanda memenangi penentuan tersebut 5-4 dan mara ke separuh akhir, hanya untuk ditewaskan oleh tuan rumah Portugal 2-1.

Piala Dunia 2006

Sehingga perlawanan peringkat kumpulan menentang Ivory Coast, Van der Sar tidak melepaskan sebarang gol dalam sembilan perlawanan kompetitif.

Beliau telah mencatatkan 130 caps antarabangsa, yang menjadikan beliau sebagai pemain Belanda paling banyak mencatatkan penampilan. Ini meletakkan beliau dalam kedudukan Top 30 pemain yang mencatatkan penampilan antarabangsa melebihi 100. Selaku kapten pasukan kebangsaan Belanda, beliau turut memecahkan rekod Frank de Boer ketika pusingan kedua Piala Dunia 2006 menentang Portugal.

Euro 2008

Pada hari lahirnya yang ke-37, Van der Sar telah ditemuramah oleh Radio 538 dan beliau menyatakan hasratnya untuk bersara daripada arena antarabangsa setelah Euro 2008. Beliau merupakan kapten Belanda ketika kemenangan 3-0 mengatasi juara dunia Itali pada 9 Jun 2008, dan juga pada 13 Jun ketika Belanda mencatatkan kemenangan menentang naib juara dunia Perancis 4-1. Pada 21 Jun, beliau menjaga gawang ketika kekalahan Belanda 1-3 kepada skuad Rusia, yang mana dipercayai merupakan perlawanan antarabangsa terakhirnya. Ianya merupakan penampilan ke-16 beliau dalam pusingan akhir Euro, yang mana beliau menyamai rekod Lilian Thuram beberapa hari sebelumnya.

Kelayakan Piala Dunia 2010

Pada 3 Oktober 2008, atas usaha pengurus baru Belanda Bert van Marwijk, Van der Sar bersetuju untuk keluar daripada persaraan untuk membantu Belanda dalam perlawanan kelayakan Piala Dunia 2010 menentang Iceland dan Norway setelah kecederaan yang menimpa Maarten Stekelenburg dan Henk Timmer. Beliau tidak ditembusi sebarang gol dalam kedua-dua perlawanan, yang masing-masing dimenangi Belanda dengan 2-0 dan 1-0. Gol jaringan Mark van Bommel di Oslo memastikan Van der Sar menerima penghargaan sewajarnya setelah membuat penampilan ke-130 beliau untuk perlawanan tersebut.